A centrífuga funciona com base no princípio da força centrífuga, que é uma força que age para fora em um objeto em movimento circular. Quando a centrífuga gira, as substâncias dentro dela são empurradas para fora. No entanto, a força que cada substância sente depende de sua densidade. Substâncias mais densas são empurradas para fora mais fortemente do que substâncias menos densas, o que permite a separação. Portanto, a separação das substâncias em uma centrífuga ocorre devido às diferentes densidades das substâncias, e não devido aos diferentes raios de rotação, velocidades angulares, quantidades de cada substância ou coesão molecular.